全市地处川西北高原南端 ,属高原峡谷区，地势由东北向西南逐渐降低，地面海拔在2180米至5301米之间，属低纬度、高海拔的特殊地理与高山峡谷立体气候，具有“冬干夏湿、雨热同季、日照充足、昼夜温差大”的特点，自然资源得天独厚，中药材资源丰富独特，是四川省重要的中药材原产地。年均气温8—9℃，年降水量753毫米，年均日照2000小时以上，绝对无霜期120天。空气质量达到全国Ⅰ级标准。

市境内交通便利，国道317线纵贯全境。移动电话、程控电话、无线寻呼网络覆盖城区和所有乡镇。广播电视综合覆盖率达100%。

水能资源

马尔康市境内有丰富的水资源，境内河流湍急，湖泊罗列。市域树枝状水网密布（共有3河69条溪），溪河高度发育，河谷幽深，水流湍急，落差大，流域广，水能资源极为丰富。水能理论蕴藏量达720万千瓦。

矿产资源

具有优越的成矿地质条件，主要矿有锂、硅、钽、铌、金、铝、锌、铅、钛等17个品种。其中锂矿储量达231万吨；硅矿250余万吨，品位高达99.2%。同时还有大理石、花岗石、石英石等非金属矿。

农牧资源

马尔康市属半农半牧的高原山地线，水草丰茂的高山草场占全市总面积的15.8%，是适宜畜牧业生产的天然牧场。耕地面积4.8万亩，草场面积427万亩，全市草场理论载畜量达22万头（只），存栏已达15.5万头（只）；主要粮食作物有玉米、小麦、青稞、洋芋等；主要经济林木有苹果、花椒、核桃、梨等；主要牲畜有牦牛、山羊、绵羊、生猪；还有世界上规模最大的养獐试验场，生态养獐规模达700多只。

林业资源

马尔康市域内高山峡谷森林茂密，林地面积16.8万余公顷，活立林蓄积量 64.3万立方米。主要树种有冷杉、云杉、落叶松以及桦、高山栎等。高山密林栖息着国家级保护动物金钱豹、白唇鹿、梅花鹿、扭角羚等，还有国家级珍稀禽类。据1985年中药材资源普查表明，马尔康市有野生中药材1303种，分属200科、596属，有全国重点普查中药材130种（占43%），资源蕴藏量2300万公斤，素有“天然药库”之称。常年出产的名贵中药材有麝香、鹿茸、熊胆、牛黄、虫草、川贝母；大宗中药材有羌活、独活、大黄、秦艽、木香、党参、当归、黄芪、赤芍、五加皮、甘松、铁棒槌等30余种。阿坝中蜂系原生蜂种，采天然中药材花蜜及百花酿制富于药效和醇香之蜂蜜，具有汤清色纯等特点，深受消费者亲睐，产品供不应求。

旅游资源

马尔康市境内有国家重点文物保护单位卓克基土司官寨、直波碉群。又因地处藏民族嘉绒地区的腹心，经过长期的民族融合，形成了别具特色的嘉绒藏族风土人情。独特的垒石为屋建筑传统和“邛笼”式建筑风格，悠久的嘉绒藏戏艺术，别具特色的饮食文化，异彩纷呈的嘉绒服饰，气势宏伟的锅庄舞，制作精良、独具特色的民间工艺品，神秘的大藏寺，精美的唐卡画和绝伦的酥油花等等，让人留连忘返，倍感神秘，是阿坝州以嘉绒民俗风情为特色的旅游胜地。绮丽的高山峡谷风光，既具有雪山的巍峨峻美，又有河谷春的花艳、夏的浓郁、秋的多彩、冬的粗犷。杜鹃、红叶、悬冰、流珠、把马尔康的春、夏、秋、冬描绘得斑斓艳丽，圣洞、城堡、古岩画、土司官寨把马尔康神奇的故事演绎得悠远神秘，奇石、奇树、岩泉、飞瀑更为马尔康平添无限魅力。