古为冉陇之地。秦属湔氐道辖地。两汉隶汶山郡。唐、宋曾属羇糜32州。元隶吐蕃宣慰司。明永乐年间属杂谷安抚司。清乾隆时属理番直隶厅,嘉庆时属杂谷直隶厅。民国属理番县(理县)。
1950年12月,茂县专署派工作团深入四土地区(马尔康县境域内原系梭磨土司的部分属地和卓克基、松岗、党坝土司所辖地,故有“四土地区”之称),成立了四土和绰斯甲地区临时工作委员会。1951年8月,四土地区宣告和平解放,9月成立了四土阿坝绰斯甲临时军政委员会。
1953年4月,经政务院批准设立四川省藏族自治区马尔康办事处。
1956年4月21日国务院批准正式建立了马尔康县。位于青藏高原南缘、四川盆地西北部,北靠阿坝、红原大草原,南与卧龙大熊猫自然保护区、小金四姑娘山紧邻,距离省会成都365公里。全县幅员面积6633平方公里,辖3镇11乡,105 个行政村,238个村民小组。
2015年11月,经国务院批准,撤县设市。